El servicio de Meridiana de check-in online es gratuito, además de práctico, y está disponible únicamente para aquellos vuelos con salida desde Bérgamo, Bolonia, El Cairo, Catania, Londres, Milán, Miami, Moscú, Nápoles, Nueva York, Olbia, Palermo, Roma, Sharm El Sheikh, Turín, Venecia y Verona. Este sistema brinda grandes ventajas al usuario, entre las que se encuentran la posibilidad de elegir el asiento deseado o cambiar el asignado aleatoriamente, así como el acceso a mostradores de facturación más rápidos. En lo que respecta a este último punto, hay que tener en cuenta que si el pasajero porta equipaje facturado debe pasar por el mostrador drop-off en el aeropuerto, igualmente gratuito.
A través del servicio online, el usuario puede gestionar tanto reservas estándares como la opción Economy Comfort, que permite un viaje más cómodo si bien requiere el pago de tasas adicionales. La reserva del vuelo y la descarga de la tarjeta de embarque pueden realizarse desde 7 días hasta 24 horas antes de la salida del avión. Además, se puede descargar dicha tarjeta de embarque vía smartphone para facilitar el proceso, gracias al denominado Mobile Check-in. Todos estos servicios están ideados para hacer más rápido y efectivo el proceso de reserva, además de evitar las extensas colas de facturación que se suelen formar en el aeropuerto el día de salida.